بدنبال ادغام وزارت جهاد سازندگي و  وزارت كشاورزي در سال ۱۳۷۹ ، سازمان جهاد كشاورزي استان خوزستان از ادغام سازمان جهاد سازندگي و سازمان كشاورزي تشكيل گرديد .  سازمان جهادكشاورزي خوزستان متشكل از يك دفتر استان (ستادي) شامل رياست و حوزه رياست و مشاوران ، نمايندگي ولي فقيه در جهادكشاورزي ، ۴ معاونت ، ۷ مديريت استاني مستقل و مجموعه اي مديريت وابسته به معاونتها ، ۲۶ مديريت شهرستاني (اجرايي) ، ۳ اداره ستادي مستقل و مجموعه اي اداره وابسته به مديريتها ، ۴ اداره كل تابعه و مجموعه اي از ساير واحدها و شركتها تشكيل شده است .

پس از پيروزي انقلاب اسلامي بمنظور انجام اقدامات وسيع و سريع براي رفع محروميت از روستاهاي كشور ايران بنا به فرمان رهبر كبير انقلاب اسلامي حضرت امام خميني (ره) نهادي به نام جهاد سازندگي در ۲۷ خرداد ۱۳۵۸ تشكيل گرديد. همزمان نيز وزارت كشاورزي ايران به ارائه خدمات در چارچوب وظايف و ماموريت هاي محوله خود از جمله كشاورزي و دامپروري مشغول بود .
با شروع جنگ تحميلي عراق عليه جمهوري نوپاي اسلامي ايران جهاد سازندگي علاوه بر رسالت اصلي خود كه رسيدگي به آباداني وارتقاء سطح زندگي مردم در مناطق محروم و روستائي بود با بسيج نيروهاي مردمي و كاركنان جهاد سازندگي وظيفه خطير و مهم پشتيباني از جنگ ( ساخت سنگر ، راه ، كانال ، آبراه و…. ) نيروهاي مسلح اعم از ارتش ، سپاه و بسيج را به عهده گرفت در اين راه جهاد سازندگي شهداي زيادي تقديم انقلاب اسلامي نمود از اين رو امام خميني ( ره )  نام سنگر سازان بي سنگر را به نيروهاي اعزامي از طرف جهاد سازندگي اطلاق نمودند.
خدمات ارزشمند جهاد سازندگي در زمينه فعاليت هاي فرهنگي،بهداشت و درمان، عمران ، كشاورزي و دامپروري و بطوركلي سازندگي مناطق دور افتاده روستاها باعث گرديد مجلس شوراي اسلامي در سال ۱۳۶۲ قانون تشكيل وزارت جهاد سازندگي را تصويب نمايد. در اين راستا وظايف و ماموريتهائي به جهاد سازندگي اضافه و يا حذف گرديد.
در سال ۱۳۶۹ مجلس محترم شوراي اسلامي قانون تفكيك وظايف دو وزارتخانه جهاد سازندگي و كشاورزي را تصويب نمود بموجب قانون مذكور وظايف مربوط به امور دام و طيور ، شيلات ، امور عشاير ، عمران روستائي ( امور راه ، آب و فاضلاب ، برق و صنايع روستائي ) ، آبخيزداري و منابع طبيعي به وزارت جهاد سازندگي و كليه وظايف مربوط به امور كشاورزي شامل زراعت ، باغباني ، حفظ نباتات ، آب و خاك ، مكانيزاسيون و تحقيقات كشاورزي به وزارت كشاورزي محول گرديد.
در سال ۱۳۷۹ بار ديگر طرح ادغام دو وزارتخانه در مجلس شوراي اسلامي مطرح و با هدف تجميع وظايف و اصلاح ساختار اداري و تشكيلاتي و واگذاري امور غير مرتبط با اين دو وزارتخانه به ساير دستگاههاي ذيربط ، وزارت جهادكشاورزي تاسيس و مورد تصويب نمايندگان محترم قرار گرفت و كليه امور كشاورزي و دامپروري و ترويج و تحقيقات كشاورزي و…. در اين وزارت تجميع گرديد در مراكز استانها سازمان جهاد كشاورزي و در مراكز شهرستانها مديريت جهاد كشاورزي و در ساير بخشها و دهستانها مراكز ترويج وخدمات جهاد كشاورزي تشكيل گرديد.
اين وزارتخانه همواره اهداف عاليه رهبر كبير انقلاب را سرلوحه برنامه ها و وظايف خود قرارداده و مي‌كوشد در زمينه قطع وابستگي كشوربه ديگر كشورها در زمينه محصولات كشاورزي و ساير فرآورده هاي دامي و پروتيني و ترويج كشاورزي و استفاده بهينه از آب و خاك و مكانيزاسيون تلاش و فعاليت نمايد.